Основан в 1595 г. как казачья крепость (в то время самая северная в Сибири) под названием Обдорск (ненецкое название посёлка - Сале-Харн, т.е. "поселение на мысу" от сале "мыс", хард "дом, поселение"). Обдорск - "место при Оби"; коми дор в географических названиях "место рядом с чем-нибудь", - проводниками русских в 16 в. были коми.

Обдорск столетиями был форпостом Российского государства на северном пути к Тихому океану.

В конце 18 в. крепость была упразднена. С 1820-х в Обдорске стали селиться русские на постоянное жительство. С середины 18 до начала 20 в. здесь проходила ежегодная зимняя Обдорская ярмарка.

История Обдорска – Салехарда уходит в историю освоения севера Западной Сибири, создания государственности у аборигенного населения, индустриального обустройства Заполярья. Обдорск столетиями был форпостом Российского государства на его северном пути к Тихому океану.

После присоединения Сибири к России на месте остяцкого городка, около слияния реки Полуй с Обью, русскими казаками Березовского воеводы Никиты Траханиотова в 1595 году заложен Обдорский острог. Обдорск пережил немало преобразований, всегда оставаясь центром региона и самостоятельной административной единицей. В нем были ставки остяцких и самоедских старшин, представителей царской администрации.  

Острог в 1635 году переименован в Обдорскую заставу. В 1799 году крепость упразднена. Застава преобразована в центр Обдорской волости Березовского уезда Тобольской губерни – село Обдорск. 

  В 1897 году в Обдорске было 30 домов, 150 торговых лавок, числилось 500 постоянных жителей, занимавшихся в основном охотой, рыболовством и торговлей. Ежегодно с 15 декабря по 25 января проходила Обдорская ярмарка, оборот которой превышал 100 тысяч рублей. На нее съезжались тысячи продавцов и покупателей. Купцы везли сюда муку и хлеб, изделия из металлов и украшения, сукно, вино и табак, а увозили меха, моржовые клыки, рыбу и птичье перо. 

10 декабря 1930 года Декретом ВЦИК СССР в составе Уральской области создан Ямальский (Ненецкий) национальный округ.

  После образования Ямало-Ненецкого национального округа Обдорск стал его столицей и в 1933 г. получил новое имя – Салехард (от ненецкого «Сале-Харн» - селение на мысу). В 1938 году окружной центр обрел статус города. 

19 сентября 1995 года, в соответствии с Уставом
Ямало-Ненецкого автономного округа, Салехард
получил статус административного центра региона.

В марте 1997 года Салехард получил статус муниципального образования, на референдуме жителями города был принят Устав муниципального образования город Салехард.